Die Förderung im Themenbereich "Sicherheitsforschung" erfolgt auf der Grundlage meist jährlich erscheinender öffentlicher Aufrufe zur Einreichung von Projektvorschlägen, den sogenannten "Calls for Proposals". Die Vergabe der Fördermittel erfolgt auf Basis einer unabhängigen Begutachtung im Wettbewerb. Inhaltlich orientieren sich diese Aufrufe an sogenannten Missionen und Querschnittsaktivitäten.
Die vier zugehörigen Missionen sind:
Schutz der Bürgerinnen und Bürger
Sicherheit von Infrastrukturen und Versorgungseinrichtungen
Intelligente Überwachung und Grenzschutz
Wiederherstellung der Sicherheit im Krisenfall
Die drei sogenannten Querschnittsaktivitäten sind:
Integration und Interoperabilität von Sicherheitssystemen
Sicherheit und Gesellschaft
Koordinierung und Strukturierung der Sicherheitsforschung
In den Missionen und Querschnittsaktivitäten werden in jedem Aufruf Schwerpunkte ausgeschrieben, für die Projektanträge eingereicht werden können.