Die Thesen der alle zwei Jahre erstellten Hauptgutachten werden vom Beirat selbst gewählt. Die Bundesregierung kann den WBGU mit der Erstellung von Sondergutachten und Stellungnahmen beauftragen. Die Betreuung des Beirates erfolgt gemeinsam durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) sowie das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit (BMU).
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