Der Bonner Dienstsitz des BMBF an der Stadtgrenze zwischen Bonn und Bad Godesberg liegt im Zentrum des hier neu entstehenden Wissenschaftsraums.
Die Gebäude des heutigen Bundesministeriums für Bildung und Forschung wurden 1974 zusammen mit dem damaligen Bundesministerium für Justiz erbaut. Seit ihrer Fertigstellung sind sie unter dem Namen "Kreuzbauten" bekannt. In der Heinemannstraße wurden neben kleineren Bürogebäuden und einer Kantine zwei identische kreuzförmige Hochhäuser mit 11 bzw. 14 Stockwerken errichtet. Das 14-geschossige Gebäude ist mit einem Tiefgeschoss unterlegt, in dem sich die Bibliothek, die Cafeteria, Sitzungsräume und eine Druckerei befinden. In den "Kreuzbauten" arbeitet der größte Teil der ca. 1.000 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des BMBF. Auf dem weitläufig begrünten Gelände sind an verschiedenen Stellen zeitgenössische Kunstwerke der 70er und 80er Jahre zu entdecken.
Die Kreuzbauten sollten den Beginn eines 1967 geplanten Regierungsviertel im damals noch selbstständigen Bad Godesberg markieren. Sieben kreuzförmige Hochhäuser sollten Platz für alle Ministerien schaffen. Der Plan scheiterte jedoch an öffentlicher Kritik. Die Bauten galten zur Zeit ihrer Entstehung als zwei der modernsten Gebäude in Bonn. Als grundlegendes Gestaltungsmerkmal sollte die Konstruktion des Hauses auch äußerlich sichtbar gemacht werden. Diesem Gestaltungsprinzip folgte der zur damaligen Zeit moderne Sichtbeton außen und innen. So wird auch sichtbar, dass die Kreuzbauten auf vier Betonpfeiler ruhen. Jeder davon trägt 6.000 Tonnen Gewicht, 20.000 Tonnen stützen sich auf den Betonsockel des Eingangsbereichs.
Das gesamte Gelände sollte ursprünglich auch offen für Bürgerinnen und Bürger sein. Aus Sicherheitsgründen musste das Gelände nach Fertigstellung vollständig eingezäunt werden, nur über zwei gesicherte Zugänge war das Betreten des Geländes möglich. Nur noch selten wurden die ursprünglich geplante Transparenz und Offenheit - so bei Ausstellungen - gepflegt.
Das BMBF-Gebäude in Bonn wird zurzeit einer umfangreichen Sanierung unterzogen. Die Sanierung erstreckt sich auf die Verbesserung des Brandschutzes und Energieeinsparungen und damit auf eine deutliche Verbesserung CO2-Bilanz.
Kurze Wege erleichtern heute in Bonn die Zusammenarbeit mit anderen Einrichtungen des Wissenschaftsraums Bonn. Zentrale Einrichtungen sind die Stiftung caesar, die mit dem Blick auf zukunftsweisende Technologien ein natur- und ingenieurwissenschaftlich orientiertes Forschungszentrum aufbaut, die Fachhochschule Bonn-Rhein-Sieg, die Zentren für Europäische Integrations- (ZEI) und Entwicklungsforschung (ZEF) der Universität Bonn und das erweiterte Wissenschaftszentrum Bonn. Weitere wichtige Forschungs- und Bildungseinrichtungen in Bonn sind das Bundesinstitut für Berufsbildung sowie das Büro der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz und das Sekretariat der Kultusministerkonferenz.